有机农业中使用的苹果专用有机肥需经过有机认证机构的认证，符合有机产品的生产标准。近些年来，我国各种生物肥料发展迅速，年产量达数十万吨以上。这些生物肥料以科技含量较高、增产效果明显和无公害为主要特点，它的生产、推广和应用对增进土壤肥力，提高农作物产量，改善农作物品质和切实推行农业可持续发展都有积极意义。针对生物对肥料在生产、产品质量和使用等方面存在的问题，旨在提高农村广大群众对这类肥料的认识，更加正确、科学地使用这些肥料，以促进我国生物肥料的健康发展。
苹果专用有机肥施入土层不易过深。因为生物有机肥是依靠其活性来分解有机质的，其活性必须在一定的温度、湿度、透气性、有机物质的条件下才能实现。而施入太深会影响生物肥活性。因此，生物有机肥以施在地表下10 到15厘米处为宜。生物有机肥施用时也不宜与单一化肥混施。 单一化肥因其成分单一，且酸碱程度不同，如果大量施用，势必影响生物有机肥的生物活性。因此，生物有机肥单独施用。
苹果专用有机肥与农家肥：区别：1）生物有机肥完全腐熟，虫卵存活率达到5%以上；农家肥堆放简单。2）生物有机肥无臭；农家肥有恶臭。3）生物有机肥施用方便，均匀；农家肥施用不方便，肥料施用不均匀。
苹果专用有机肥与生物菌肥：区别：1）生物有机肥价格便宜，每吨在千元左右；生物菌剂价格昂贵，每吨几千元。2）生物有机肥含有功能菌和有机质，能改良土壤促进被土壤固定养分的释放；生物菌肥只含有功能菌，通过功能菌来促进土壤固定肥料的利用。3）生物有机肥的有机质本身就是功能菌生活的环境，施入土壤后容易存活；而生物菌肥的功能菌可能不适合有的土壤环境。
